測序相關知識總結,測序的一些基本小知識

2023-05-27 14:30:04 字數 2716 閱讀 5151

1樓:威尼德

紫外交聯儀是一種多用途的紫外輻射系統,主要用於將dna或rna交聯到尼龍膜、硝酸纖維素膜上。交聯過程僅需25–50秒。傳統的方法是將膜置於真空烘箱中80℃烘烤2小時。

與真空烘箱烘焙相比,紫外交聯儀照射可使雜交訊號顯著增加。

紫外交聯儀可用於northern、southern blotting、emsa等膜交聯,clip-seq、iclip-seq、par-clip-seq、pbpa、sulfo-sda、psoralen等雙分子交聯以及微生物滅活(例如細菌,真菌,病毒),光穩定性驗證,瓊脂凝膠中dna的切割,reca突變篩選,胸腺二聚體產生的部分限制性內切酶消化,uv滅菌消除pcr汙染。在紫外滅菌,聚合物固化(例如水凝膠,甲基丙烯酸甲酯樹脂)等方面也有應用。

紫外交聯儀,vl-1000a(365nm)、vl-1000b(302nm)、vl-1000c(254nm)、vl-3000(三種波長)在功能上有著諸多的優勢與特點,比如:

多種模式自由選擇:自動模式(auto mode)、能量模式(energy mode)、時間模式(time mode)、預設模式(preset mode)。

多種光源自由選擇:254nm(uvcnm(uvbnm(uva)

安全性強:儀器裝有安全聯鎖裝置,當門開啟或者門關閉不嚴時會自動關閉紫外光源,保護使用者安全。

燈管更換提示功能:當燈管功率小於初始值的60%時,此燈亮,提示使用者需要更換燈管。

光源分布一致性好:紫外交聯儀光源的分布,尤其是中心區域的分布一致性好,能夠保證樣品各點吸收的能量基本一致。

友好、安全的觀察窗:觀察窗採用3層特殊玻璃,使用者可以安全地通過此視窗觀察樣品和燈的執行狀態。

預設常用實驗程式。

不同波長燈管 自動識別功能。

測序的一些基本小知識

2樓:溫嶼

pe:兩端測序(pair-end sequencing),對於paried-end reads,一般是不會測通的(就是說不會有重合的部 分),比如300bp的插入片段(insert size),兩端各測100bp,中間的100bp沒有被測到,也就是說對於這個 300bp的插入片段,測序得到的一對reads只有200bp資訊,中間的100bp是gap。

unigene:對轉錄組進行組裝,得到盡可能長的非冗餘的序列。我們把最終序列稱之為unigene,每乙個unigene代表一段轉錄組序列。

對組裝後的unigene的數量、長度、gc含量等進行統計,這些統計量反映了組裝的質量。unigene長度通常是反映組裝質量的指標之一。對樣本的每個unigene**orf(open reading frame),如果乙個unigene**有多個orf,則取最長的orf。

把每個unigene的可讀框翻譯成氨基酸序列,並且統計讀框中每個片段的起始位點,終止位點,長度和gc含。

de novo 測序(從頭測序):全基因組重測序是對基因組序列已知物種的個體進行基因組測序,並在個體或群體水平進行差異性分析的方法。基於全基因組重測序技術,我們能夠快速的進行種子資源普查篩選,尋找到大量基因變異,並實現遺傳進化分析及重要性狀候選基因**。

而隨著測序成本降低和已知基因組序列的物種增多,重測序已成為動植物育種研究中最為迅速有效的方法之一。

1m reads指100萬條reads。

測序結果怎麼分析

3樓:匿名使用者

關鍵是你測完序了想幹啥?

最基本的找個chromas軟體看看峰圖咋樣,然後就要看你的目的了。

4樓:匿名使用者

主要看你的目的是什麼,具體情況具體分析。

測序技術概述

5樓:溫嶼

核心原理是:由於ddntp(4種帶有螢光標記的a,c,g,t鹼基)的2』和3』都不含羥基,其在dna的合成過程中不能形成磷酸二酯鍵,因此可以用來中斷dna的合成反應,在4個dna合成反應體系中分別加入一定比例帶有放射性同位素標記的ddntp(分別為:ddatp,ddctp,ddgtp和ddttp),然後利用凝膠電泳和放射自顯影後可以根據電泳帶的位置確定待測分子的dna序列。

另一種理解認為 ngs主要是指基於大規模並行測序(massively parallel sequencing,簡寫mps)的測序技術。

擴增子測序:

核醣體rdna(細菌和古細菌 16s rdna 或真菌 18s、28s rdna 和 its (internal transcribed spacer,真菌 rdna 基因非轉錄區的一部分))的分類和鑑定。

獲得環境中各個細菌種類的相對豐度和多樣性水平,從而了解環境中微生物群落的組成和結構。

single marker genes(一般為功能基因,比如固氮還原酶nifh基因和氨基氧化酶amoa基因等)的多樣性和分類分析。

揭示各個功能菌群的構成和多樣性。

巨集基因組全測序。

shotgun metagenomics:全部巨集基因組dna的整體測序和分析。

profile taxonomic composition

functional potential of microbial communities

to recover whole genome sequences

參考: 基因組淺層測序 genome skiming

目標富集測序。

轉錄組測序。

簡化基因組測序(rad-seq)

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