1樓：匿名使用者
至於設計引物的一般原則如下：
序列選取應在基因的保守區段。
避免引物自身或與引物之間形成4個或4個以上連續配對，避免引物自身形成環狀發卡結構。
典型的引物18到24個核苷長。引物需要足夠長，保證序列獨特性，並降低序列存在於非目的序列位點的可能性。但是長度大於24核苷的引物並不意味著更高的特異性。
較長的序列可能會與錯誤配對序列雜交，降低了特異性，而且比短序列雜交慢，從而降低了產量。
tm值在55－65℃（因為60℃核酸外切酶活性最高），gc含量在40%－60%
引物之間的tm相差避免超過2℃
引物的3』端避免使用鹼基a，引物的3』端避免出現3個或3個以上連續相同的鹼基。
為避免的擴增，引物設計最好能跨兩個外顯子。
taqman探針pcr要求片段長度在80bp－150bp
引物末端（最後5個核苷酸）不能有超過2個的g和c。
引物設計原則是什麼?
2樓：蘇西的陽光
引物設計有 3 條基本原則：首先引物與模板的序列要緊密互補，其次引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或髮夾結構，再次引物不能在模板的非目的位點引發dna聚合反應(即錯配)。
具體實現這 3 條基本原則需要考慮到諸多因素，如引物長度（primer length），產物長度（product length），序列 tm 值 (melting temperature)，引物與模板形成雙鏈的內部穩定性(internal stability, 用 ∆g 值反映)。
形成引物二聚體(primer dimer)及髮夾結構（duplexformation and hairpin）的能值，在錯配位點（false priming site）的引發效率，引物及產物的gc 含量（composition），等等。必要時還需對引物進行修飾，如增加限制性內切酶位點，引進突變等。
一、引物與模板的序列要緊密互補。
二、引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或髮夾結構。
三、再次引物不能在模板的非目的位點引發dna聚合反應(即錯配)。
3樓：三億御姐的夢丶
引物設計有原則：
1、長度：15—30bp，其有效長度[ln=2(g十c)十(a十t)]一般不大於38，否則pcr的最適延伸溫度會超過taq酶的最佳作用溫度(74度)，從而降低產物的特異性。
2、g十c含量：應在40%一60%之間，pcr擴增中的復性溫度一般較tm值低等於引物的tm值減去5—10度。引物長度小於20時，其tm恆等於4×(g十c)十2×(a十t)。
3、鹼基分布的隨機性：應避免連續出現4個以上的單一鹼基。尤其是不應在其3』端出現超過3個的連續g或c，否則會使引物在g十c富集序列區錯誤引發。
4、引物自身：不能含有自身互補序列，否則會形成髮夾樣二級結構。
5、引物之間：兩個引物之間不應有多於4個的互補或同源鹼基，不然會形成引物二聚體，尤應避免3』端的互補重疊。
6、上下游引物的互補性：乙個引物的3『末端序列不允許結合到另乙個引物的任何位點上。
末端：如果可能的話，每個引物的3『末端鹼基應為g或c。
8、引物應當超出限制性內切酶識別位點至少3個核苷酸。
引物長度和gc 含量要適中。引物長度大概為18~28 bp，但不應大於38 bp，引物過短會影響到擴增的特異性，太長的話其延伸溫度將會大於74 ℃，不利taq 酶的催化反應。若擴增產物為4~5 kb，引物最好不要少於24bp；如果目的產物≤500 bp，引物長度只要16~18 bp 即可。
上下游引物間的tm 值的差值最好在10 ℃以內，gc 含量最好是40%~60%。
3′端不應該存在相似性高的序列，否則容易導致錯配。3′端不能有多於3 個連續的g 或c，要不然引物錯配會在gc 富集區。
引物3′端不能修飾，5′端可以修飾，還盡量要避開密碼子第3 位。同時要注意選擇3′端△g 值相對較低，5′端和中間△g 值較高的引物。
引物設計原則是什麼？
4樓：匿名使用者
1、引物的長度一般為15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不應大於38，因為過長會導致其延伸溫度大於74℃，不適於taq dna聚合酶進行反應。
2、 引物序列在模板內應當沒有相似性較高，尤其是3』端相似性較高的序列，否則容易導致錯配。引物3』端出現3個以上的連續鹼基，如ggg或ccc，也會使錯誤引發機率增加。
3、引物3』端的末位鹼基對taq酶的dna合成效率有較大的影響。不同的末位鹼基在錯配位置導致不同的擴增效率，末位鹼基為a的錯配效率明顯高於其他3個鹼基，因此應當避免在引物的3』端使用鹼基a。
5樓：教你生活新知識
1、引物長度一般為15-30bp，常用的為18-27bp，但不能大於38bp；
2、引物gc含量一般為40%-60%，以45-55%為宜，上下游引物gc含量和tm值要保持接近；
3、引物所對應的模板序列的tm值最好在72℃左右，至少要在55-80℃之間，tm值曲線以選取72度附近為佳，5'到 3』的下降形狀也有利於引物與模板的結合；
4、引物之間：兩個引物之間不應有多於4個的互補或同源鹼基，不然會形成引物二聚體，尤應避免3』端的互補重疊。
引物設計和探針設計有什麼區別
6樓：茆秋珊堵令
引物是用來擴增片段用的，而探針，探針上面有螢光基團，完整時檢測不到螢光，與兩引物之間的目的基因結合，pcr擴增過程中，探針被切斷，可以檢測到螢光。擴增得到的目的基因越多，那麼探針被切斷的也越多，檢測到的螢光也越多，所以常用來做定量pcr。
7樓：鄢懷寒暴桐
如果你做的事螢光定量pcr，其引物和一般引物在構成上是沒有什麼區別的，只是要更加注意引物二聚體、pcr產物大小等問題。染料法不需要其他東西，探針法還需要taqman探針，這個探針的設計是比較有講究的，並且上面有螢光集團和猝滅基團。具體設計，一般使用相關軟體進行。
引物設計的引物設計原則
8樓：諾諾百科
1、引物長度一般為15-30bp，常用的為18-27bp，但不能大於38bp；
2、引物gc含量一般為40%-60%，以45-55%為宜，上下游引物gc含量和tm值要保持接近；
3、引物所對應的模板序列的tm值最好在72℃左右，至少要在55-80℃之間，tm值曲線以選取72度附近為佳，5'到 3』的下降形狀也有利於引物與模板的結合；
4、引物之間：兩個引物之間不應有多於4個的互補或同源鹼基，不然會形成引物二聚體，尤應避免3』端的互補重疊。
9樓：鮮活且善良丶桃花
2.在框中貼上入你的原始序列(要比你要擴的目的片段兩端延伸一點)
3.在框的下方有許多可以設定的限制條件，如片段長度，一定包含的片段位置，引物長度，引物退火溫度等，你可以進行設定。
同時引物設計和選擇目的dna序列區域時可遵循下列原則：
1) 引物長度約為16-30bp,太短會降低退火溫度影響引物與模板配對，從而使非特異性增高。太長則比較浪費，且難以合成。
2) 引物中g+c含量通常為40%-60%,可按下式粗略估計引物的解鏈溫度 tm＝4(g+c)+2(a+t).
3) 四種鹼基應隨機分布，在3'端不存在連續3個g或c,因這樣易導致錯誤引發。
4) 引物3'端最好與目的序列閱讀框架中密碼子第一或第二位核苷酸對應，以減少由於密碼子擺動產生的不配對。
5) 在引物內，尤其在3'端應不存在二級結構。
兩引物之間尤其在3'端不能互補，以防出現引物二聚體，減少產量。兩引物間最好不存在4個連續鹼基的同源性或互補性。
7) 引物5'端對擴增特異性影響不大，可在引物設計時加上限制酶位點、核醣體結合位點、起始密碼子、缺失或插入突變位點以及標記生物素、螢光素、地高辛等。通常應在5'端限制酶位點外再加1-2個保護鹼基。
引物不與模板結合位點以外的序列互補。所擴增產物本身無穩定的二級結構，以免產生非特異性擴增，影響產量。
9) 簡併引物應選用簡併程度低的密碼子，例如選用只有一種密碼子的met,3'端應不存在簡併性。否則可能由於產量低而看不見擴增產物。
螢光定量PCR引物設計的問題
ls說得很對 你可以手動改動幾個鹼基，降低引物裡面的dimer，主要是3 端沒有dimer就好。錯配問題，可以用taqman探針來檢測，但是很貴，實在設計不出來再用。可以多設計幾對，然後做個引物測試，挑選出幾對好的，再做qrt。你是直接用primer5設計的引物嗎？有時候時會遇到你說的問題，你可以在...
花叢設計的原則是什麼,園林景觀設計的原則是什麼？
花叢從平面輪廓到立面構圖都是自然式的，邊緣不用鑲邊植物，與周圍草地 樹木等沒有明顯的界線，常呈現一種錯綜自然的狀態。園林中，根據環境尺度和周圍景觀，既可以單種植物構成大小不等 聚散有致的花叢，又可以兩種或兩種以上花卉組合成叢。但花叢內的花卉種類不能太多，要有主有次 各種花卉混合種植，不同種類要高矮有...
引物設計之前進行blast比對有什麼意義？詳細一點另外求引物設計的具體步驟，謝了
一般的引物設計可以使用primer 5進行設計，將你的目標序列拷貝到軟體裡，然專後根據你的需要屬搜尋出最佳評分的引物。如果是需要表達的基因片段，可能會需要頂頭設計，即從兩端抄寫20bp左右的序列，然後可以根據情況延長或縮減，盡量避免引物二聚體 發卡結構 錯誤引發之類的。並不是所有的引物設計之前都需要...