高通量測序的結果怎麼計算覆蓋率,高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋

2021-03-04 04:53:32 字數 1170 閱讀 3589

1樓:西北守望著

覆蓋度是指測序產出的資料覆蓋到目標基因組上的比例,與測序深度相關。以人類基因組測序為例:測序深度=reads數×片段大小(bp)/3000000000。

如果文庫片段是100bp,產出500w的reads,那麼其測序深度是0.167×,覆蓋度是16.7%。

在1×測序深度以內,覆蓋度與測序深度呈正相關的比例,當測序深度達到一定程度時覆蓋度並沒有顯著提高。同樣以人類基因組為例:1×測序深度其覆蓋度是63.

21%,2×測序深度其覆蓋度是87.46%,5×測序深度其覆蓋度是99.3%,10×測序深度其覆蓋度是99.99%

高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋

2樓:匿名使用者

簡潔版:

深度即:測序得到的總鹼基數/基因組鹼基數 。也可以理解為將基因組測了幾遍。

測序深度能減少假陽性和測序錯誤率。                        覆蓋度原來是指基因/轉錄組上測序測到的部分佔整個組的比例,但是現在很多人把coverage也直接當depth用了。

詳細版:                                     depth嘛,就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數,比如某樣本的測序深度為30x,那麼就是說該樣本的基因組上每乙個單鹼基平均被測序(或者說讀取)了30次,注意,是平均。當然了,depth也有最大和最小值,這個都可以由資訊分析得到。

coverage就好理解了,由於大片段拼接的gap、測序讀長有限、重複序列等問題的存在,測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域,覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。例如乙個人的基因組測序,覆蓋度為98.5%,那麼說明該基因組還有1.

5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到。

至於什麼演算法之類的,太深了,應該不用了解吧~~偶也寫不出來。。。:p

當然,轉錄組也同上,

3樓:豆穎環力學

可以簡單理解為深度是一條鏈上乙個鹼基檢測到的次數,

覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比

高通量測序中深度和覆蓋度是什麼意思

4樓:**ile我的愛人

可以簡單理解為深度是一條鏈上乙個鹼基檢測到的次數,覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比

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