高通量測序illuminahiseq2019和roche454兩種

2021-04-17 22:07:41 字數 2981 閱讀 8000

1樓:土豆檸檬絲

他們復是兩家不同公司的測序制平台

1.原理

illumina的hiseq2000和454都是通過單序列的擴增放大訊號,只是hiseq2000中間有橋式擴增,可以兩頭測序。測序長度來講,hiseq2000一般為1x100和2x100的模式,而454平均500bp左右,最長700左右,測序準確度來講hiseq的測序準確度稍高一些,454由於在測序的過程每次是加一種鹼基,所有如果是單鹼基重複,比如aaaa,那麼區分幾個a的準確性就會下降。

2.資料分析和應用方向

資料分析相差不大,只是不同的軟體,應用方面兩者各有優勢,hiseq2000資料適應性更高。454一般是巨集基因組種群豐度測序上應用更好一些,不過illumina也有miseq代替。

3.通量和**

hiseq2000的通量要高一些,**比454便宜很多。

綜合來講454現在應用面比較窄了,所以在市場上現在也慢慢被代替掉了。現在耗材和試劑也很快就停服務了。

不過hiseq現在市場上也都2500居多了,並且現在也有新的的技術更新的3000和4000。說實話現在hiseq2000也很少了。

第二代高通量測序都有哪些平台

2樓:上海基研生物

illumina公司的solexa測序平台,目前主流的型號的hiseq-2500,以及hiseq-2000,資料通量在每張flow cell 300g資料,每次最多可以上2張flow cell,單張flow cell執行時間大約在11天左右。讀長通常是100bp,據說近期有了長度上的突破。還有乙個型號是miseq,該機器執行通量較小,但是讀長大約在150bp以上,常用於微生物檢測,而且該型號獲得fda認證,可以進行臨床樣本的檢測。

solexa的錯誤型別主要是顛換。

羅氏454平台,主要特點是測序長度很長,目前大於1k的測序沒有什麼難度了,比較適合基因組測序,用於搭建基因組框架,也常用於微生物基因組測序。該平台主要的錯誤型別是插入缺失。

abi的solid平台,聽說該平台不在維護了,故而不再描述。

life的ion torrent平台,目前主要有2種型號,較早的乙個型號是pgm,該測序儀原理類似於454測序,與454不同的是,454是化學反應發光進行檢測,而pgm是半導體測序,檢測h離子,如果發生了鹼基互補配對,那麼高能磷酸鍵就會釋放h離子,導致電位變化,從而根據已知加入的鹼基,就可以判斷待測序列是否與已知加入的鹼基發生互補,從而達到測序目的,測序長度可以達到400bp,主要用於微生物的檢測,錯誤型別也是插入缺失錯誤。最新的型號是ionproton,該機器與pgm測序原理一致,但是測序通量由pgm的1g資料上公升至10g資料,測序精度也較pgm有大幅度提公升,測序時間大約是1天。

pacbio的單分子三代測序,該測序儀最大的特點就是測序長度比454更長,更加有利於基因組的拼接工作,有些較小的微生物可以直接將基因組測通成環狀。

3樓:潛龍9勿用

illumina 的hiseq平台和miseq平台;羅氏的454平台;life的ion torrent平台。具體的通量、讀長等引數都可以在網上查到。

4樓:烏亞罕

華大基因公司測序平台

illumina hiseq x ten和2000的測序資料有什麼區別

5樓:健振韋天

不清楚這個易瑞什麼來路,目前的基因檢測主要有2類,一類是通過snp位點(基本上是以snp晶元為手段,也有針對單基因或少數幾個基因位點的使用的是pcr加測序或分型的方式),還有一類是對全基因組進行測序,一般目前採用的是hiseq x-ten測序。

**上第一種如果是幾百萬個snp位點的一般是1000元左右,如果是單基因或少數幾個基因的也就幾十塊錢。第二種全基因組測序的一般測序深度30x以上,90g左右資料,測序費用大概在8000左右,分析snp和indel的變異費用在1000左右。

但是,目前完全不建議做。因為snp的變異與疾病和表型的研究完全不夠充分。單基因的遺傳疾病根本不用測序自己就看出來了,多基因的複雜疾病基因遺傳因素所佔比例有限,只是乙個相關概率問題,而且即便知道了也沒什麼手段,早點拿到的資料也是一堆atcg和snp變異和所謂風險值。

還有測序和資料分析費用在飛速下降,目前上萬的全基因組測序同樣的資料可能1年後只用幾百塊,真正有效的解讀也還要等到幾年後,沒必要花這個冤枉錢。

但是以下人群有這個切實需要:腫瘤的突變分型(目前並沒有特別靠譜的高通量測序產品,主要還是基於螢光定量pcr的檢測試劑盒),新生兒的遺傳病篩查(看個人接受程度)

三種高通量測序儀區別 比較?

6樓:匿名使用者

這些平台中,只有ion torrent 是最新的半導體測序技術,2年來發展速度很快。因此如果要客觀評價的話,需要檢視更新的平台比較的文章。推薦以下兩篇文章:

a tale of three next generation sequencing platform: comparison of ion torrent, pacific bioscience and illuminar miseq sequencers

comparsion of next-generation sequencing systems

另外有訊息說,pgm的讀長已經達到400bp了,因此在通量上也應該會有相應的增加。

這是乙個高通量測序的戰國時代。誰能笑到最後,大家拭目以待!

7樓:匿名使用者

看一下這篇文章,這裡面有著三種平台的比較:

performance comparison of benchtophigh-throughput sequencing platforms

裡面有通量、準確性、資料量、讀長等的比較。

hiseq測序和miseq測序的區別是什麼

8樓:言吾測序

通量和速度的區別(導致應用方向就不同了),其他一樣。

hiseq的測序通量遠大於miseq,而miseq的測序耗時明顯短於hiseq。

測序原理相同。

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覆蓋度是指測序產出的資料覆蓋到目標基因組上的比例,與測序深度相關。以人類基因組測序為例 測序深度 reads數 片段大小 bp 3000000000。如果文庫片段是100bp,產出500w的reads,那麼其測序深度是0.167 覆蓋度是16.7 在1 測序深度以內,覆蓋度與測序深度呈正相關的比例,...

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哪些公司可以做高通量測序服務,誰能介紹下國內比較好的高通量測序公司?

比較知名的比如華大基因 美吉生物,也可以在肽度時界上問威客。誰能介紹下國內比較好的高通量測序公司?我們學院的高通量測序找的一家南京本地公司,叫諾唯贊生物,不知道你聽過沒。我們一開始樣本量比較小,有的公司不接,最後找到他們公司,服務很好。測序結果也很快,資料分析也比較靠譜,後來我們就基本都在他們家做了...