1樓:匿名使用者
xp sp4 可識別》4g ddr3,一樣用股溝雲,ff36,gc38,一樣用html5.更何況我的電腦同時裝了7個不同的系統。
如何從sra檔案中分離出從對短序paired-end reads
2樓:龍之大帝之不死
很多時候從ncbi的sra文件中分離paired-end
sequencing資料。但是當我們使用sra
toolkit的fastq-dump工具時,往往只能得到乙個檔案,而不是兩個檔案。如何才能將這個檔案分離成兩個或者更多的檔案呢?答案是不一定。
首先我們可以試試使用fastq-dump的–split-3引數。對於–split-3引數,是這樣介紹的:
legacy
3-file splitting for mate-pairs: first biological reads satisfying dumping
conditions are placed in files *_1.fastq and *_2.fastq if only one biological
read is present it is placed in *.fastq. biological reads and above are
ignored
也就是說如果sra檔案中只有乙個檔案,那麼這個引數就會被忽略。如果原檔案中有兩個檔案,那麼它就會把成對的檔案按*_1.fastq,
*_2.fastq這樣分開。如果還有出現了第三個檔案,就意味著這個檔案本身是未成配對的部分。可能是當初提交的時候因為事先過濾過了一下,所以有一部分資料被刪除了。
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