1樓：匿名使用者
基因啟動子位於基因轉錄起始位點的上游幾kb的區域內，一般來說啟動子區域具有一定的保守序列特徵，另外，啟動子區域一般還具有比較高比例的gc含量，這些高gc含量的區域組成一些gc島；如果乙個新的基因在不能確定其啟動子的情況下，最好在設計pcr引物時，多設計幾對，最大限度地將新基因的啟動子區域囊括在這些pcr裡面。。如：你可以分析一下，得到高gc含量的區域，然後在涵蓋這個區域設計一系列的引物，然後pcr。
如何查詢乙個基因的cpg島
2樓：
基因啟動子位於基因轉錄起始位點的上游幾kb的區域內，一般來說啟動子區域具有一定的保守序列特徵，另外，啟動子區域一般還具有比較高比例的gc含量，這些高gc含量的區域組成一些gc島；如果乙個新的基因在不能確定其啟動子的情況下，最好在設計pcr引物時，多設計幾對，最大限度地將新基因的啟動子區域囊括在這些pcr裡面。。如：你可以分析一下，得到高gc含量的區域，然後在涵蓋這個區域設計一系列的引物，然後pcr。
如何查詢某個基因片段的甲基化位點
3樓：匿名使用者
找甲基化位點也就cpg島一般是有以下幾個方法：
1. msp,亞硫酸氫鹽轉化後,將你想測的基因區域（如啟動子區）轉入細菌質粒中,進行測序（金標準）.挑轉殖7/10是甲基化的轉殖認為這個位點70%甲基化.
大概可以測400+片段,但是問題是沒有辦法太精確,因為測得越多越精確,測太多太貴.
2. 焦磷酸測序,這裡指的是qiagen的pyromark焦磷酸測序,亞硫酸氫鹽轉化後,對於啟動子片段進行pcr擴增,測序,測出甲基化程度,儀器中q24有fda的認證,可以合作開發開發試劑盒.大概可以測60-70bp片段,勝在快速和穩定,但是引物設計成功率不高50%左右,適合小樣本.
3. massarray平台進行甲基化檢測,用的是質譜法,也是亞硫酸氫鹽轉化,針對目標片段可以最多到500bp,但是問題是要求樣本量一般比較大,位點數*樣本數要等於384才好做,至少大於300因為那東西一張**384,用兩次就廢了,一週不用完也廢了.
4. 甲基化晶元如果你一還沒有找到基因那你用這個做個初篩不錯.
5. 甲基化測序,這個比較高階,也比較貴,25000乙個,一般來說是去篩選未知的一些甲基化位點的方式,全基因組範疇,效果拔群.
如何確定基因啟動子區cpg島的數量
4樓：匿名使用者
有**可以**。
然後用實驗證實，可以用bisulfite sequencing來比較處理前後的不同，找到甲基化位點
如何尋找乙個基因的甲基化調控位點
5樓：111尚屬首次
找甲基化位點也就cpg島一般是有以下幾個方法：
1. msp，亞硫酸氫鹽轉化後，將你想測的基因區域（如啟動子區）轉入細菌質粒中，進行測序（金標準）。挑轉殖7/10是甲基化的轉殖認為這個位點70%甲基化。
大概可以測400+片段，但是問題是沒有辦法太精確，因為測得越多越精確，測太多太貴。
2. 焦磷酸測序，這裡指的是qiagen的pyromark焦磷酸測序，亞硫酸氫鹽轉化後，對於啟動子片段進行pcr擴增，測序，測出甲基化程度，儀器中q24有fda的認證，可以合作開發開發試劑盒。大概可以測60-70bp片段，勝在快速和穩定，但是引物設計成功率不高50%左右，適合小樣本。
3. massarray平台進行甲基化檢測，用的是質譜法，也是亞硫酸氫鹽轉化，針對目標片段可以最多到500bp，但是問題是要求樣本量一般比較大，位點數*樣本數要等於384才好做，至少大於300因為那東西一張**384，用兩次就廢了，一週不用完也廢了。
4. 甲基化晶元如果你一還沒有找到基因那你用這個做個初篩不錯。
5. 甲基化測序，這個比較高階，也比較貴，25000乙個，一般來說是去篩選未知的一些甲基化位點的方式，全基因組範疇，效果拔群。
cpg位點與基因表達最相關，怎麼展示
6樓：匿名使用者
cpg島甲基化對c/ebp β基因表達和脂肪細胞分化的調控作用
肥胖、ⅱ型糖尿病、心腦血管疾病和腫瘤等存在密切的相關性,研發防治肥胖及其相關疾病的藥物均是重要的研究課題。 c/ebp β在前脂肪細胞分化為脂肪細胞過程中起關鍵作用,c/ebp β基因表達啟用c/ebp α,後者啟用多個參與脂肪合成的酶系基因(如422/ap2, scd1,clu4等)的轉錄,從而促進脂肪合成,使前脂肪細胞分化為脂肪細胞。 首先用軟體分析發現c/ebp基因啟動子序列富含cpg島,推測cpg島的甲基化調控c/ebp β基因的表達.
在前脂肪細胞未加入誘導劑時,其啟動子cpg島處於高度甲基化,導致c/ebp β基因表達呈沉默狀態;加入誘導劑mdi後,c/ebp β啟動子區域cpg島去甲基化,使c/ebp β基因表現轉錄活性,誘導前脂肪細胞分化為脂肪細胞。在具體c/ebp β基因啟動區域cpg島甲基化狀態檢測和western blot分析中,觀察到這種相關性。顯示c/ebp β基因啟動區域cpg島的甲基化狀態調控c/ebp β基因表達,在調控前脂肪細胞分化為脂肪細胞過程中起重要作用。
在第乙個去甲基位點前發現乙個潛在的gata-2蛋白結合位點,通過不同的時效曲線也觀察到gata-2和c/ebp β表達存在負相關,說明gata-2一定程度上調控c/ebpp的表達。進一步用molecular dock計算機對接軟體得出：gata-2蛋白可以結合到c/ebp β基因啟動子上的結合位點。
地黃具有較高的藥用價值,為四大淮藥之一。我們的研究表明,地黃提取液能抑制脂肪細胞分化和降低飲食性肥胖大鼠的高血糖和高血脂。同時地黃提取液可以在6天的時候較大程度抑制c/ebp β蛋白的表達,但在24小時並沒有明顯地抑制其表達,說明地黃提取液可能不是通過抑制c/ebp β基因啟動子區域cpg去甲基化,從而使得c/ebp β基因表達降低；但是re可以顯著提高gata-2在前脂肪細胞誘導後1-4天時的表達水平,結合它抑制c/ebp β基因表達的作用,推斷re抑制前脂肪細胞分化的機理可能與gata-2途徑有關,與黃連素的作用相似。
1、c/ebpβ基因表達水平的檢測 為通過western blot的方法檢測c/ebp p的表達水平,我們製備c/ebp β的抗血清。首先轉殖c/ebp β的cdna基因片段,與ply4載體重組,經溫度誘導,表達產物大部分形成包涵體,經初步純化後作為抗原免疫家兔製備c/ebp β的抗血清。抗血清對c/ebp β蛋白有識別作用。
用此抗血清檢測前脂肪細胞分化過程中不同時間點c/ebp β的表達水平,結果顯示：c/ebp β的在加入誘導劑後即開始表達,在1天時表達水平達到最高,從而引起c/ebp α蛋白的表達,促進前脂肪細胞分化。在誘導24小時後c/ebp β表達量逐步降低。
2、前脂肪細胞分化與c/ebp β基因啟動子區cpg島甲基化的關係 用軟體分析c/ebp β的基因序列時發現,該基因啟動位點atg之前約-3000bp富含gc,存在多個cpg島。傳統理論認為cpg島中c的甲基化狀態影響下游基因表達,甲基化程度越高,下游基因表達水平越低,反之,基因表達水平越高。 採用bsp-pcr方法檢測前脂肪細胞分化前後該段序列的cpg島甲基化狀態變化情況,亞硫酸鹽測序法將dna分子中的胞嘧啶(c)轉化為尿嘧啶(t),然後經pcr擴增基因片段並檢測基因順序變化的情況,分析基因位點是否存甲基化。
結果顯示：前脂肪細胞分化前後72小時內c/ebp β基因表達變化是在誘導後24小時c/ebp β基因表達水平最高,然後逐步降低,所以檢測c/ebp β基因啟動子在24小時的甲基化情況,結果表明在24小時:c/ebp β基因啟動區域共有7個cpg位點呈甲基化狀態,其中的2個甲基化位點在加入誘導劑後發生去甲基化現象,同時c/ebp β基因從沉默到高水平表達,表明cpg島去甲基化在調控c/ebp β基因表達以及前脂肪細胞的誘導分化過程中起重要作用。
在前脂肪細胞(3t3-l1cells)分化前後加入5一氮雜-2一脫氧胞苷(aza,又名地西他濱decitabine)觀察其對c/ebp β基因表達的影響。aza是阿扎胞苷脫氧核糖類似物,甲基化轉移酶的抑制劑。結果顯示：
aza並沒有提高c/ebp β基因表達量,相反卻降低其表達,表明c/ebp β基因啟動子區域cpg島的甲基化可能是保守存在的,而不是通過甲基化轉移酶修飾而成的,而aza可能具有去甲基化作用,但由於有多種去甲基化的途徑,aza具體作用機理有待進一步研究。
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